La depresión del Ebro y su fértil tierra ha supuesto a lo largo de la historia que esta localidad sea un lugar de paso o de asentamiento para diferentes tipos de pobladores. Se ha podido constatar yacimientos de población con un carácter estable desde el Paleolítico Superior, en el término denominado «Alto la Mesilla».
Villa de señorío hasta el año 1943, presenta la existencia de las «villae» romanas de las cuales apenas quedan vestigios, algunos trozos de columnas y capiteles se encuentran frente a las piscinas municipales, «dolium» para el almacenamiento de grano o aceite y fragmentos de cerámica «terra sigilata» de los siglos II al IV d.c.
El nombre del lugar, interpretado en latín como «Sartacutia» o «Sartacuta» (1063) y en romance Sartaguda desde el siglo XIII, hace constancia a un lugar alto y con vegetación.
Tenencia navarra en el siglo XI y señorío posteriormente, la Corona poseyó palacio, bienes y rentas que Carlos el Noble dio a Carlos de Beaumont. Como consecuencia de su situación geográfica y de las cruentas luchas civiles entre agramonteses y beaumonteses, la Villa quedó despoblada hasta el año 1508. Hasta el siglo XIX perteneció a Sartaguda el término de «La Torre», en la margen derecha del río Ebro y son varios los escritos y mapas en los que aparece una Sartaguda Alta y otra al otro lado del río.
Todas las tierras del término de Sartaguda, incluidos los edificios, pertenecían al duque del Infantado. Los colonos pagaban al dueño un canon anual por los solares de las viviendas, por el uso del molino, etc. Las tierras eran cultivadas mediante contratos de arrendamiento y pago de rentas anuales en trigo o por contratos en régimen de aparcería, repartiéndose las cosechas entre el señor y el mediero. En el año 1922 fueron vendidas algunas tierras a diferentes familias en el paraje agrario llamado El Cumbrero.
Las reivindicaciones de tierras por parte de los colonos fueron constantes durante los años que gobernó Primo de Rivera, así como durante la II República, fracasando las gestiones para su reparto entre los vecinos, las cuales fueron llevadas a cabo ante el duque del Infantado por Manuel de Irujo (diputado del PNV por la Merindad de Estella en 1923). Poco después fueron varios los vecinos que solicitaban tierra, contestando en repetidas ocasiones el administrador del duque que no se repartiría ni «un tormo de tierra». Después de un cruento inicio en la guerra civil, la Diputación Foral de Navarra inició gestiones con los duques del Infantado para la adquisición del señorío, comprado por 4.700.000 pts. para ser repartido y vendido entre los vecinos, por el acuerdo de fecha 7 de octubre de 1942 y formalizada la escritura de compra el 10 de febrero del año 1943, reservándose edificios y terrenos para construir el ayuntamiento, la nueva iglesia parroquial y otros servicios.
